تعیین جنسیت در پرندگان جوان بر اساس خصوصیات ظاهری در اکثر گونه ها غیرممکن است. در پرندگان بالغ نیز در بیش از 60 درصد گونه ها از نظر ظاهری و مورفولوژیک تفاوتی بین پرنده نر و ماده وجود ندارد یا تفاوت ها به قدری جزیی و ظریف است که تعیین جنسیت مطمئن و قطعی را سخت می کند.
طوطی سانان نیز از این دسته هستند. طوطی سانان چهارمین رده بزرگ پرندگان هستند و بیش از 28 درصد گونه های موجود این گروه در خطر انقراض قرار دارند. طوطی سانان به عنوان پرندگان اگزوتیک و زینتی همواره مورد توجه و تحسین بوده اند. طی سال های اخیر این گروه از پرندگان بدلیل پرهای زیبا، هوش سرشار، شخصیت دوست داشتنی و رفتار اجتماعی به عنوان حیوان خانگی بیش از پیش محبوب شده اند. به همین دلیل طوطی سانان بزرگترین گروه پرندگان در اسارت را تشکیل می دهند. تلاش برای حفظ زیستگاه های طبیعی از یک سو و افزایش تقاضا برای زاد و ولد پرندگان در اسارت موجب شده که تعیین جنسیت در این پرندگان اهمیت بالایی برخوردار شود. تعیین جنسیت اکثر طوطی سانان با روش های بصری میسر نیست. در طوطی ها و دیگر پرندگان مونومورفیک از نظر جنسی، تعیین جنسیت با روش هایی مثل تست کلوآک (متود ژاپنی)، تست های هورمونی، تست ژنتیکی و جراحی انجام می شود.
در روش جراحی تعیین جنسیت به کمک اندوسکوپی یا لاپاروسکوپی صورت می گیرد. این روش بیشتر توسط پرورش دهندگان مورد استفاده قرار می گیرد و در آن علاوه بر تعیین جنسیت، وضعیت گوناد ها و دیگر ارگان ها را نیز بررسی می کنند. در این روش پس از القای بیهوشی، برش کوچکی در دیواره شکمی ایجاد می شود تا لاپاروسکوپ وارد شده و اندام های جنسی مشاهده شوند. اندام های جنسی نزدیک بخش قدامی کلیه ها قرار دارند. به این منظور سمت راست بدن پرنده در پایین قرار گرفته و برش در سمت چپ انجام می شود. از آنجایی که پرنده ماده تنها یک تخمدان دارد و آن تخمدان در سمت چپ واقع شده دسترسی به آن از سمت چپ راحت تر است. پرنده نر دارای دو بیضه است که هرکدام در یک سمت بدن واقع شده اند و در تئوری تفاوتی ندارد که برش از کدام سمت انجام شود ولی سمت چپ رایج تر است.
پس از تعیین جنسیت به کمک لاپاروسکوپی، جنسیت پرنده روی پوست خالکوبی می شود. رایج ترین محل تتو فلپ پوستی در زیر بال است. این فلپ پوستی با افزایش سطح بال به پرواز پرنده کمک می کند. تتو به صورت یک نقطه کوچک بین لایه های پوستی انجام می شود. این نقطه بعدا تا حدی پخش خواهد شد. از آنجایی که پرنده ماده تنها تخمدان چپ دارد، در بال سمت چپ و پرنده نر در بال سمت راست علامت گذاری می شود. پس از پایان پروسه پرنده نیاز به مراقبت شدید و آنتی بیوتیک تراپی دارد.
تا سال ها این تنها روش تعیین جنسیت در پرندگان مونومورفیک بود. دقت و صحت این روش متکی به فرد انجام دهنده پروسه دارد. این پروسه نسبتا تهاجمی و پرهزینه است و بخصوص در پرندگان کوچک با ریسک خونریزی همراه است. طبیعتا بیهوشی نیز همواره با ریسک همراه است و باید با احتیاط انجام شود. با ورود اسکوپ به محوطه شکمی امکان آسیب به اندام های داخلی خصوصا پیش معده وجود دارد. در صورتی که پیش معده پر باشد، روی کلیه و گونادها قرار گرفته و اجازه بررسی نمی دهد و امکان آسیب به پیش معده و پرفوره شدن وجود دارد. به همین بهتر است پرنده حتما ناشتا باشد. در جوجه ها، تفریق تخمدان نابالغ از بیضه خصوصا برای دامپزشک کم تجربه بسیار دشوار است و امکان خطا وجود دارد. با وجود متود های غیرتهاجمی نوین این روش بجز در موارد خاص توصیه نمی شود.
بهترین راه شناخته شده تعیین جنسیت در پرندگان، تعیین جنسیت ژنتیکی به کمک DNA است. تست های مولکولی، بخصوص آن هایی که در آن از تکنولوژی PCR بهره می برند، قابل اطمینان، ایمن، ارزان، غیر تهاجمی، سریع و راحت هستند و در هر سنی قابلیت انجام دارند. در این روش نمونه DNA از پر یا خون گرفته می شود. به این منظور سه یا چهار پر از ناحیه سینه یا زیر بال برداشته می شود. خونگیری نیز معمولا از رگ جگولار یا پد پاها انجام می شود. حتی بلافاصله بعد از از تخم خارج شدن جوجه از غشای پوسته تخم نیز می توان استفاده کرد. این تکنیک به صورت گسترده در آزمایشگاه ها انجام می شود.
جنسیت پرندگان با کروموزوم های جنسی Z و W مشخص می شود. بر خلاف پستانداران، کروموزوم جنسی پرندگان ماده هتروگامت (ZW) و کروموزوم پرندگان نر هموگامت (ZZ) است. تعیین جنسیت پرنده با جنسیت نامعلوم بر اساس حضور یا عدم حضور کروموزم W یا بخش مشخصی از آن انجام می شود. در بیشتر گونه های پرندگان کروموزم Z چهارمین یا پنجمین کروموزم بزرگ است و بیشتر ژن های مربوط به صفات جنسی را در خود جای می دهد.
کروموزوم W ، میکروکروکروموزمی بسیار کوچکتر است. یکی از شاخصه های اصلی PCR تعیین جنسیت پرندگان ژن های CHD1 هستند که به صورت دو واریانت مختلف در هر دو کروموزوم جنسی نر و ماده وجود دارند. CHD1-W که مختص کروموزم W جنس ماده است و CHD1-Z که در کروموزم Z هر دوجنس نر و ماده وجود دارد. این ژن ها همولوگ هستند. تنها تفاوت آن ها وجود اینترون هایی با طول مختلف بین جنس ها و گونه های مختلف است. تعیین جنسیت به کمک PCR بر اساس تفاوت طول اینترون ها انجام می شود. پس از استخراج DNA، قسمت های دارای ژن CHD1-Z و CHD1-W (درصورت وجود) توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز تشدید شده و خط روی ژل الکتروفورز نمایان می شود. اگر تنها یک خط دیده شد، یعنی تنها ژن CHD1-Z وجود دارد و مربوط به کروموزم ZZ جنس نر است. اگر دو خط دیده شد، یعنی هر دو زن CHD1-Z و CHD1-W حضور دارند و مربوط به جفت کروموزمی ZW جنس ماده است. در هر دو جنس خط مربوط به ژن CHD1-Z باید روشن شود و مثل یک کنترل مثبت برای هر نمونه عمل می کند. اگر دیده نشود یعنی نمونه DNA یا تست PCR معتبر نسیت و ایراد دارد.
